Многие карельские озера отличаются низкой температурой придонного слоя воды зимой и летом. В мелководных озерах (Святозеро, Лижмозеро и др.) вода прогревается до дна. К хорошо прогреваемым водоемам принадлежат и крупные карельские озера, имеющие небольшие глубины (Выгозеро, Водлозеро, Ондозеро, Керетьозеро и др.). На температурном режиме водоемов сказывается короткое лето, которое в южной части Карелии длится около двух с половиной месяцев, а в северной части - всего два месяца.
В южных районах Карелии ледостав на небольших озерах начинается в конце октября - начале ноября. Сроки замерзания больших водоемов различны по годам. Они зависят от температуры воздуха и ветров. Волнение на озерах задерживает ледостав. Толщина льда к середине зимы может достигать 1 м. Вскрываются озера на юге Карелии в начале мая, на севере - на 15-20 дней позже.