Большого рыбохозяйственного значения главные реки Горного Алтая не имеют, но для рыбака-любителя это очень привлекательные угодья. В них водятся такие рыбы как щука, окунь, налим, карась, елец и другие, а ловля здесь тайменя и хариуса весьма заманчива и каждый год привлекает большую армию рыболовов.
Очень интересны водоемы бассейна реки Чуя (приток Катуни). Чуя берет начало с северных склонов хребта Сейлюгем. В Чуйской долине, через которую протекает эта река, много так называемых «османьих озер», населенных редким представителем нагорно-азиатской фауны - алтайским османом, нигде в России, кроме водоемов Горного Алтая и южных районов Тувы, не встречающимся. В некоторых горных озерах обитают такие ценные вселенцы как муксун и пелядь.